本室於民國46年7月1日醫院創立之初，原名為「醫務組」下轄醫療及醫務行政等相關作業單位，歷經多次的組織修編，醫療各科相繼獨立運作，民國63年「醫務組」亦隨之更名為「醫務行政室」屬醫院一級單位，負責醫務行政等相關事務之推動。
因應榮民醫療體系三級整合，民國100年1月1日正式改制更名為「高雄榮民總醫院屏東分院」，本室再更名為「醫務企管室」，隨著醫院的業務發展及所轄業務之持續擴增，配合醫院政策，為促使本室各項業務能順利推動。111年11月起將醫務企管室更名為「醫務企管部」分為營運管理組、研考品管組、醫務行政組。
本組設主任1人，下設契約醫管師1人、契約組員2人等共計4人，辦理本院醫院政策規劃、分院經管業務、組織管理、會議管理、經管組評鑑、輔導會相關考評業務、醫院醫事法規業務、財務管理業務、醫院院史管理、行銷專案內容規劃及執行、大型活動行銷規劃及文稿撰擬等業務。