本科品質管理系統為品質與技術系統運作之最高準則。乃以自主管理之方式，確保每個品質要素均符合 ISO 15189：2022規範之要求，各組之工作人員必須不斷地發掘不符合事項加以矯正，且提出預防措施並確實執行，方可持續及全面地改善品質，以達成本科品質目標之要求。
病理檢驗科之品質政策為：「流程優化，品質提升」提供優質安全的病理檢驗服務、培育德術兼優的病理檢驗團隊、研發有益人類的病理檢驗科技、促進區 域及國際之合作與水準。
病理檢驗科之品質目標為:
短程：提供「快」而「準」之檢驗結果，品質目標以朝各項品質指標閾値達成率為100%為最高目標，並不斷正面修正以達到品質政策之要求。
中程：通過並維持ISO15189醫學實驗室認證，持續改善以達到高效率、高品質的檢驗作業服務，並強化產學合作，邁向尖端醫學實驗室。
長程：推動全面檢驗資訊化，推動分子病理實驗室的成立，參與國際性的學術交流，全方位與國際接軌並提昇本科之品質，成為國際級醫學中心。